引起肛门流脓常见的原因是肛瘘，肛瘘是肛管皮肤外口与齿线附近或直肠壁内口相通的瘘性管道，形成肛瘘前都有肛门肿痛病史。肛瘘流脓呈间歇性发作，流脓前肛门肿痛，流脓后肿痛缓解。此外，肛门流脓还有以下疾病：

肛周的毛囊炎，这种疾病好发于尾骨及肛门周围，有排脓的外口和短浅窦道，特征是在外口内有毛发和小毛囊。

化脓性汗性炎，好发于肛周皮下，有广泛的病区和多个流脓的疮口，疮口间可彼此相通，形成皮下瘘道，但瘘道不与肛门齿线与直肠相通，有广泛慢性炎症和瘢痕形成。

骶尾骨骨桔核，病程较长，有全身性桔核病史及桔核症状，X线摄片后可见骨质损害，与肛门直肠病无关。

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骶骨前畸胎瘤，临床有时与直肠后脓肿相似，但直肠后肿块光滑，无明显压痛，有囊性感及分叶。X线检查可见骶骨前有肿物，将直肠推向前方或一侧，可见散在的牙齿等钙化阴影。